過去兩周，越來越多的iPhone SE用戶遭遇同一個問題，那就是在搭配汽車、耳機撥打藍牙電話時，會出現各種異常，包括聲音扭曲、雜音、靜電聲、含糊不清等等。不少用戶表示，之前的手機尤其是iPhone都有著水晶般清澈的藍牙通話質量，iPhone SE突然就不行瞭。
試驗證明，更換藍牙設備、取消並重新配對、重設網絡、切換網絡數據、更換SIM卡，甚至是重置手機設置等方法，全都不管用，問題依舊。
從目前的情況看，這個問題范圍很廣，無關iPhone SE型號、iOS系統版本、運營商、國傢、汽車型號，最新的iOS 9.3.2裡也存在，不過還無法確認是硬件問題抑或軟件問題。
有人聯系瞭蘋果客服，被要求提供日志文件供分析，而且有客服確認，蘋果工程師已經知道瞭這根委托，正在研究解決，但沒有時間表。
還有部分用戶稱，iPhone SE的藍牙導航也有類似問題，不過藍牙音樂暫時沒有什麼狀況。
2014年10月份，最新的iPhone 6/6 Plus和剛升級iOS 8系統的就鬧過類似問題，後來發佈的iOS 8.1方才解決。